Este monasterio tiene el honor de ser el lugar donde reposan los restos del rey Alfonso VI, los de tres de sus cinco esposas y los de Zaida. Estos restos fueron inicialmente enterrados en el monasterio de los santos Facundo y Primitivo de Sahagún y, tras la desaparición del monasterio, fueron trasladados en 1835 al monasterio de Santa Cruz.
Alfonso VI, el Bravo
Fue hijo del rey Fernando I y doña Sancha de León, rey que unificó los reinos de León y Castilla. A la muerte de su padre en 1065 el reino se dividió entre Alfonso, que pasó a ser rey de León, y sus hermanos. A la muerte de su madre comenzaron las disputas entre los hermanos. Derrotado por su hermano Sancho II es desterrado como monje a la abadía de Domnos Sanctos en Sahagún.
Al poco tiempo Sancho muere sin herederos. Entonces Alfonso, tras el juramento de Santa Gadea donde juró no haber instigado el asesinato de su hermano, es reconocido como rey de León, Castilla y Galicia en 1072. Su reinado duró hasta su muerte en 1109.
El reinado de Alfonso VI coincidió con un rápido avance de la reconquista y con el establecimiento del Camino de Santiago.
Alfonso VI tuvo cinco esposas y dos amantes de las que se conserva escasa documentación sobre su origen, edad, etc..
Los restos
Alfonso VI y tres de sus esposas profesaron gran cariño al Monasterio de monjes benedictinos de Sahagún por lo que pidieron que a su muerte los restos fueran trasladados allí. En ese lugar descansaron hasta la desamortización, cuando en 1835 el abad de San Benito, en secreto, trasladó los restos en dos cajas al vecino monasterio de Santa Cruz. El secreto sólo fue transmitido de una abadesa a la siguiente hasta que se perdió por el prematuro fallecimiento de una de ellas.
En el año 1908, al realizar una obras en el monasterio, se encontraron de nuevo las dos cajas. En los años 1910 y 1999 se realizan sendos estudios de autentificación y clasificación de los restos.
En diversas ocasiones los restos estuvieron a punto de abandonar el monasterio con destino a los panteones reales de San Isidoro en León y del Escorial pero el tesón de monjes y monjas y el apoyo popular lo impidió.
Actualmente los restos reposan en una caja de madera dentro de una sepultura de mármol en la iglesia del monasterio.