El monasterio cuenta con un pequeño museo de arte sacro (orfebrería, escultura, pintura, ornamentos litúrgicos…) procedentes del antiguo monasterio de monjes benedictinos de Sahagún y de otros fondos propios o procedentes de donativos de entidades de la ciudad.
El museo se fundó en 1962 con el apoyo del entonces Obispo de León Mon. Almarcha. Está formado por tres salas y la iglesa donde se agrupan más de doscientas obras de arte.
Sala de la Peregrina
La primera sala recibe el nombre de la figura policromada de la conocida como Virgen Peregrina o bien la Divina Peregrina Nuestra Señora del Refugio, patrona de la ciudad de Sahagún desde 1758. Se trata de una talla de 1,35 m de altura (excluida la corona) que en su mano izquierda porta el bordón de plata con la calabaza y en la derecha sostiene al Niño Jesús. Acompañan a la Virgen varias pinturas votivas.
Contiene, además, la sala un mapa moderno que representa los dominios del Monasterio de San Benito en los siglos X a XIV; y frente a él los alzados del monasterio de Santa Cruz delineados en 1798. Se guardan aquí algunos restos románicos del antiguo monasterio de masculino de San Benito, hoy desaparecido.
Destaca también por su originalidad, una bañera de una sola pieza de mármol datada en el siglo III.
Sala de la Custodia
Es la sala más amplia del museo, contiene tallas en diversos formatos, vestimentas litúrgicas, esculturas y material de orfebrería.
En el centro de la sala una preciosa custodia procesional de Enrique de Arfe (autor también de la desaparecida custodia de la Catedral de León). Realizada alrededor del 1505 para el monasterio de San Benito en plata sobredorada es un claro exponente del barroco. La custodia, de base hexagonal, posee una gran riqueza en los detalles de las figuras y adornos de los pilares y la cúpula.
Guarda también esta sala capiteles y otras esculturas de piedra del monasterio de San Benito. Destaca también una detallada escultura que sirvió de tapa al sepulcro de don Pedro del Burgo.
Entre las pequeñas esculturas policromadas de madera que contiene la sala destacan especialmente una Piedad del siglo XVI y una Virgen del Amparo, también conocida como Virgen del garrote, una de las tres tallas que hay en toda España, de pequeño tamaño pero llenas de detalles.
El muro norte está presidido por una inmensa talla de un crucificado el Santo Cristo de la Agonía que data del siglo XVII. Otras esculturas de madera de evangelistas y santos, relicarios y crucifijos destacan en las vitrinas de esta sala.
Con respecto a la obra pictórica sobre las paredes cuelgan lienzos con escenas bíblicas del siglo XVII de Francisco Antolínez Sarabia pero también nos encontramos otras pinturas sobre cobre y alabastro de varios autores.
Además de la custodia esta sala contiene una de las mejores colecciones de orfebrería de Castilla y León compuesta por diversos relicarios, crucifijos, custodias solares, cálices y otro material de culto recogidos del monasterio de San Benito, de Santa Cruz y de otros donantes.
Iglesia
Retablo
El retablo es obra de José Benito de Churriguera -también autor del casquete de la torre norte de la catedral de León-, confeccionado en estilo barroco y una muestra excelente de trabajos en pintura y escultura. La iconografía es variada, apareciendo las figuras de Santa Maria la Real, Santo Domingo, Santo Tomás o San Francisco, acompañados por ángeles.
Sepulcros
En el año 1835, el año de la expulsión definitiva de los monjes del vecino monasterio benedictino de San Facundo y San Primitivo, el entonces abad del mismo Fray Bernabé Álvarez pidió hablar con la abadesa de las benedictinas, doña Manuela Salgado. Quería encomendarle la custodia de dos cajas que contenían en una, los restos del Rey Alfonso VI, de un infante, posiblemente un hijo suyo y de un perro, y en el otro cuatro de sus esposas, que reposaban en el monasterio por orden expresa del Rey.
Pues dijo: “Elegí para mi sepultura Sahagún para demostrarle, aun en la muerte, el mucho amor que le tuve en vida.”
La abadesa las guardó y el secreto se fue pasando de una monja a otra hasta que, en el año 1908, cuando ya nadie conservaba el recuerdo de su existencia fueron descubiertas por Rodrigo Fernández y Pedro Pérez, el capellán, en unas obras que se realizaron en el monasterio.
El primero de los sarcófagos, el que contiene los restos del rey, está realizado en caliza o, quizá, arenisca, y llama la atención por su descuidada labra, que da lugar a la falta de terminación alguna en sus tres lados visibles, lo que parece dar a entender que no fue concebido para ser visto sino que, probablemente, permanece-ría enterrado, por debajo del pavimento del recinto funerario en el que inicialmente se emplazó.
Su interior tiene, en la cabecera, forma antropomorfa, debido a que en el proceso de vaciado se reservó un hueco de forma semicircular para albergar la cabeza del difunto.
El segundo de los sarcófagos, que alberga según la tradición los restos de las reinas, presenta unas características totalmente diferentes al anterior.
Se trata de una pieza de auténtico mármol, liso, con un acabado exterior muy cuidado.
Este sepulcro, que descansa sobre dos piezas de piedra, una de ellas un cimacio cortado, de raigambre altomedieval, común en las iglesias prerrománicas, tiene sendas inscripciones, la primera, en el lado mayor visto, cerca de uno de los extremos, dice: AGNES/UXOR REGIS/ADEFONSI VI, la cual se orienta de forma vertical, en tres líneas. En el lado opuesto, apoyado contra la pared, se pudo apreciar una segunda inscripción, más o menos simétrica a la anterior, y asimismo en tres renglones, aunque en este caso la altura de las letras es considerablemente mayor. Su lectura es la siguiente: AGNES / UXOR / REGIS A […].
Piedad
El 25 de marzo de 1865, don Mariano Martín Borreda, hizo donación de la imagen de Nuestra Señora de las Angustias y de los Dolores con el Señor en sus brazos para que se le diese culto en la Iglesia y se colocó en el retablo mayor. Pasados los años cuando llegó al monasterio el retablo de Churriguera se colocó como retablo mayor y el de la piedad pasó a los pies del templo.